Maladies bactériennes des plantes

Résumé

Le BBSRC, au nom également du ministère de l'Environnement, de l'Alimentation et des Affaires rurales (Defra), du Conseil de recherche sur l'environnement naturel (NERC) et du gouvernement écossais, annonce un appel à la recherche pour répondre aux menaces pesant sur la santé des plantes et la biosécurité du Royaume-Uni dues aux maladies bactériennes. Des propositions sont sollicitées pour des études multidisciplinaires et interdisciplinaires sur les bactéries phytopathogènes et leurs interactions avec les plantes hôtes, les invertébrés vectors et l’environnement au sens large.

Cet appel est la deuxième phase d'un programme plus large sur les maladies bactériennes des plantes soutenu par le Fonds des priorités stratégiques (SPF) du Royaume-Uni pour la recherche et l'innovation (UKRI). Il complétera les travaux du consortium BRIGIT récemment créé, axé sur Xylella fastidiosa en finançant des études sur diverses maladies.

Présentation

Il existe une inquiétude croissante quant aux menaces potentielles et existantes pour la santé et la biosécurité des plantes (y compris des arbres) du Royaume-Uni en raison de la propagation plus large et de l'apparition plus fréquente de maladies bactériennes émergentes et indigènes. Les facteurs contributifs comprennent le changement environnemental et un mouvement accru de plantes ou de matières végétales potentiellement contaminées dans le commerce. Ces agents pathogènes (et leurs invertébrés vectors) menacent la production agricole, la foresterie, l’horticulture commerciale et d’agrément, ainsi que les forêts et la biodiversité au sens large dans l’environnement au sens large. Ils sont susceptibles d’avoir des conséquences économiques, environnementales et sociales étendues et graves sur les paysages et les écosystèmes, tant ruraux qu’urbains.

Les phytopathogènes bactériens sont divers et provoquent de nombreux types de maladies. Leur transmission peut être aérienne, terrestre ou via des invertébrés. vectors. Lorsqu'elles sont introduites dans de nouvelles zones, leur propagation est imprévisible, mais souvent très invasive. Ils sont difficiles à contrôler avec des produits chimiques et, contrairement à de nombreux autres agents pathogènes des plantes, ils ont souvent un grand nombre d'hôtes potentiels.

L'inquiétude est renforcée par un manque relatif de recherche sur les phytopathogènes bactériens, aggravé par la disponibilité d'une capacité scientifique limitée et d'une capacité à répondre aux défis qu'ils posent. Les pathogènes sont souvent difficiles à étudier: l'infection peut être latente et asymptomatique, tandis que certains pathogènes sont «incultes» en dehors de leur plante hôte.

Le registre des risques phytosanitaires de Defra contient des informations sur de nombreux pathogènes bactériens, et de plus en plus d'agents pathogènes sont ajoutés à mesure qu'ils deviennent un risque. Cet appel ne se concentre pas exclusivement sur les maladies bactériennes incluses dans le registre, mais les candidats peuvent y trouver une source d'information utile.

Interet

Le but de cet appel à propositions est de soutenir la recherche multidisciplinaire et interdisciplinaire pour comprendre et informer la gestion des menaces pour la santé des plantes au Royaume-Uni provenant de maladies bactériennes ayant des impacts potentiellement graves sur les plantes cultivées ou sur l'environnement naturel. Il vise à répondre aux besoins des décideurs et des praticiens en exploitant les opportunités scientifiques pour combler les lacunes dans les connaissances sur la biologie et l'épidémiologie de ces maladies afin d'optimiser les réponses pour les contrer.

L’appel vise également à accroître les capacités de recherche sur les maladies bactériennes en réunissant l’expertise en phytopathologie avec les technologies génomiques et autres de pointe, ainsi que la recherche dans d’autres disciplines. Le cas échéant, ces recherches devraient s'appuyer sur des approches pertinentes issues d'autres domaines, en particulier dans un contexte environnemental plus large, pour comprendre les interactions entre les agents pathogènes, leurs hôtes et vectors, et des écosystèmes plus larges.

Le portefeuille de projets financés sera géré activement pour promouvoir l'échange de connaissances - entre les projets et avec les parties prenantes - afin d'exploiter les opportunités de synergie et d'assurer la pertinence par rapport aux besoins des utilisateurs.

Domaine

Cet appel est la deuxième phase d'un programme plus large sur les maladies bactériennes des plantes soutenu par le SPF, avec des contributions supplémentaires du Defra et du gouvernement écossais. Il couvre tous les types d'agents pathogènes bactériens (y compris les phytoplasmes) qui affectent ou menacent les plantes cultivées ou autres (terrestres ou aquatiques) (y compris les arbres) d'importance et de valeur commerciale, environnementale, sociale ou culturelle au Royaume-Uni.

Comprendre la biologie des bactéries pathogènes et leurs interactions complexes avec les plantes hôtes, les invertébrés vectors et l’environnement plus large, les propositions devront s’appuyer sur l’expertise d’une variété de disciplines de recherche. Ceux-ci peuvent inclure la bactériologie, l’écologie, l’entomologie, l’épidémiologie, la génomique, la modélisation, la phytopathologie, les sciences sociales et tout autre domaine de recherche pertinent. Des approches interdisciplinaires innovantes intégrant différents types d’expertise seraient particulièrement bienvenues.

En plus d'être scientifiquement excellentes, la recherche à financer doit être stratégiquement pertinente pour les besoins des utilisateurs potentiels: gouvernement, agences statutaires, entreprises, industrie et organisations non gouvernementales. On s'attend à ce que les parties prenantes participent à la conception et à la réalisation des projets afin de garantir leur pertinence par rapport aux politiques et à la pratique.

En outre, les propositions doivent démontrer comment elles augmenteraient la capacité du Royaume-Uni et ses capacités de recherche sur les maladies bactériennes des plantes.

Les propositions sont invitées pour des projets visant à relever des défis sous un ou plusieurs des thèmes suivants, mais ceux-ci ne sont pas destinés à être normatifs ou exclusifs:

Effets du changement environnemental

Les changements dans l'environnement et sa gestion entraîneront probablement des changements dans la façon dont les bactéries pathogènes se propagent et affectent leurs hôtes. Changements de température, régimes de précipitations, CO₂ concentrations, insectes vector le comportement, l'utilisation des terres et le comportement agricole peuvent tous affecter la manière dont l'hôte est exposé à l'agent pathogène, et même si une maladie bactérienne s'établirait après avoir atteint le Royaume-Uni pour la première fois. Les applications visant à étudier les effets des changements environnementaux sur les maladies bactériennes aideront les parties prenantes à comprendre et à se préparer aux maladies bactériennes actuelles et futures.

Transfert entre hôtes

L’une des plus grandes préoccupations concernant certaines maladies bactériennes est leur tendance à affecter un éventail particulièrement large de plantes hôtes. Comprendre non seulement la gamme d'hôtes d'un agent pathogène, mais aussi la façon dont il est capable d'affecter de nouveaux hôtes, peut nous fournir des connaissances qui peuvent être utilisées pour prévenir l'infection d'autres hôtes. Comprendre le rôle de vectorLes facteurs impliqués dans la transmission de la maladie et l’infection des plantes seront également essentiels pour développer des moyens de réduire les impacts de ces maladies.

Facteurs affectant la pathogénicité

Pour qu'une maladie bactérienne s'installe dans une plante hôte, la bactérie doit rencontrer l'hôte sous une forme où l'infection peut avoir lieu. Les demandes sont les bienvenues pour comprendre le cycle de vie de l'agent pathogène et ce qui le rend pathogène, ainsi que pour comprendre comment cette pathogénicité se produit. Cela peut avoir un rôle à jouer pour informer les parties prenantes sur les risques d'infection, y compris à partir de matériel végétal importé.

Effets des sols / microbiome du sol

Le sol peut jouer divers rôles dans la transmission et l'établissement des maladies bactériennes des plantes. Les bactéries pathogènes peuvent vivre dans le sol et infecter les plantes hôtes qui y poussent, et contrairement aux agents pathogènes affectant les parties supérieures des plantes, les bactéries du sol sont difficiles à traiter. De plus, les maladies peuvent être propagées par des organismes vivant dans le sol, tels que les nématodes et les limaces. Les conditions du sol, y compris le microbiome du sol, peuvent également avoir un effet, mais peu de recherches ont été effectuées dans ce domaine, et les applications pour étudier le rôle du sol dans les maladies bactériennes des plantes sont les bienvenues.

Comprendre la résistance et la sensibilité de l'hôte

Les mécanismes par lesquels les plantes hôtes résistent aux attaques des agents pathogènes bactériens ont été étudiés, mais il n'est pas toujours clair pourquoi une espèce hôte sera sensible à une maladie bactérienne, tandis qu'une autre espèce sera largement résistante. La compréhension de la résistance de l'hôte entre dans le cadre de cet appel, mais les demandes axées principalement sur la sélection de variétés de cultures résistantes seront rejetées.

La recherche à financer doit relever de la compétence du BBSRC et / ou du NERC, et doit inclure un élément substantiel de recherche en sciences biologiques et / ou environnementales. Mais pour garantir leur pertinence pour les parties prenantes et leur potentiel d'impact, les propositions doivent prendre en compte les contextes économiques et sociaux des défis phytosanitaires qu'elles visent à relever. À condition qu'ils soient étroitement intégrés à d'autres aspects des travaux proposés, les projets peuvent également inclure des éléments appropriés d'analyse économique ou de sciences sociales.

La première phase du programme SPF sur les maladies bactériennes des plantes est un corpus de 5 millions de livres sterling de travail multidisciplinaire intégré sur Xylella fastidiosa par le consortium d'institutions BRIGIT dirigé par le Centre John Innes. Alors que des recherches supplémentaires sur X. ennuyeux n'est pas exclu du présent appel, les travaux proposés doivent être distincts et complémentaires de BRIGIT et d'autres études existantes, y compris les projets XF-ACTORS et POnTE soutenus par le programme Horizon 2020 de l'Union européenne. Les propositions doivent démontrer la valeur ajoutée qu'elles apporteraient grâce à une synergie avec les activités en cours.

Les propositions de recherche sur le rôle des bactéries dans les maladies des chênes devraient s'aligner sur les priorités du partenariat Action Oak et s'engager avec elles. Defra a offert de fournir une lettre de soutien pour les propositions qui répondent aux objectifs d'Action Oak, veuillez contacter Sarah Jeffery à info@actionoak.org avec une description de votre proposition pour plus d'informations. 

La recherche sur les sujets suivants est exclue de cet appel:

• recherche sur la contamination bactérienne / la décomposition des cultures après récolte
• recherche dans le but spécifique de permettre la sélection commerciale de plantes résistantes à des agents pathogènes bactériens particuliers
• recherche pour comprendre les interactions entre les plantes et les agents pathogènes bactériens humains et leurs rôles dans la transmission des maladies aux humains.

Échelle et durée du projet

Jusqu'à 13 millions de livres sterling sont disponibles, sous réserve de la qualité des propositions reçues, dans le but de soutenir un portefeuille suffisamment large et équilibré comprenant jusqu'à 20 projets. Les demandes ne doivent pas dépasser 2.5 millions de livres sterling (à 100% de leur coût économique total). Les bailleurs de fonds visent à financer un portefeuille de projets de tailles et de domaines d'intérêt mixtes. Les candidatures multidisciplinaires à grande échelle sont les bienvenues, mais les projets plus petits et plus ciblés ne sont pas exclus.

Des fonds peuvent être demandés pour une période allant jusqu'à trois ans et les projets devraient démarrer d'ici le 1er mai 2020.

Tous les projets seront financés à 80% de leur coût économique total.

Réunion de la ville

Une réunion municipale a eu lieu le 21 juin pour donner aux candidats potentiels et aux parties prenantes l'occasion d'en savoir plus sur le contexte de l'appel et de comprendre ce que les bailleurs de fonds espèrent soutenir à travers celui-ci. Des présentations ont été faites par Jon Knight, Nicola Spence, Saskia Hogenhout et Debbie Harding, et elles sont disponibles dans la section «Téléchargements». 

Admissibilité

L'appel est ouvert aux personnes éligibles dans les organisations qui sont normalement éligibles pour demander des subventions de recherche auprès des conseils de recherche de l'UKRI. Les critères d'éligibilité standard du BBSRC et du NERC s'appliquent, veuillez consulter les téléchargements et NERC: admissibilité aux subventions de recherche.

Pour cet appel uniquement: Les établissements de recherche du secteur public (PSRE) comptant au moins 10 chercheurs titulaires d'un doctorat (ou équivalent) peuvent postuler. Si les PSRE souhaitant postuler n'ont pas déjà demandé un financement de l'UKRI et ne sont pas actuellement désignés comme IRO, ils devront remplir un formulaire d'éligibilité (voir: Recherche et innovation au Royaume-Uni: demande d'éligibilité à demander au Royaume-Uni de recherche et d'innovation pour le financement de la recherche) pour s'assurer qu'ils disposent de la capacité de recherche, des systèmes et des contrôles nécessaires pour gérer la recherche et les subventions. Les candidats PSRE doivent contacter plant.bacteria@bbsrc.ukri.org à la première occasion de discuter de leurs intérêts à postuler.

Les demandes qui incluent des chercheurs principaux ou des cochercheurs qui ne sont pas admissibles à un financement et / ou des organisations non admissibles seront rejetées.

Les établissements de recherche étrangers peuvent être des partenaires de collaboration dans des projets mais ne sont pas éligibles pour recevoir un financement direct dans le cadre de l'initiative. Les propositions de subventions de recherche ne seront pas acceptées par des institutions étrangères ou par des candidats britanniques si les propositions contiennent des demandes de financement direct pour des codemandeurs étrangers (mais voir la section sur la sous-traitance ci-dessous).

Les organisations du secteur privé, les organismes de bienfaisance et les ONG qui n'ont pas le statut d'IRO approuvé par l'UKRI peuvent participer en tant que partenaires de collaboration, mais ces organisations ne sont pas éligibles pour demander ou recevoir un financement direct de cette initiative (mais voir la section sur la sous-traitance ci-dessous).

Dans tous les cas d'activité de collaboration avec des organisations autres que les catégories d'institutions éligibles énumérées ci-dessus, les candidats et les collaborateurs / partenaires de projet doivent être conscients que tous les coûts encourus, directs ou autres, par les collaborateurs ou les institutions des collaborateurs (partenaires du projet) en relation avec des collaborations, ne peuvent être satisfaites par cette initiative.

Des conseils supplémentaires sur l'inclusion des collaborateurs et des partenaires du projet sont disponibles dans le guide des subventions du BBSRC (voir la section téléchargements).

La sous-traitance des aspects des travaux proposés à des établissements qui ne sont pas éligibles pour demander directement un financement, en raison, par exemple, du manque d'expertise appropriée dans les établissements éligibles, est acceptable. Cependant, les candidats devront démontrer que la participation de tout sous-traitant donnerait accès à des capacités essentielles qui ne sont pas facilement disponibles dans un organisme de recherche britannique éligible. Des informations détaillées sur la sous-traitance se trouvent dans le Guide des subventions du BBSRC.

Timetable

Pré-annonce de l'appel	4 mars 2019
Lancement de l'appel à manifestation d'intérêt	20 mai 2019
Réunion de la ville	21 Juin 2019
Date limite pour la soumission d'expressions d'intérêt	25 juillet 2019
Réunion d'évaluation	Décembre 2019 (à confirmer)
Subventions de recherche accordées	Février 2020 (à confirmer)

Il existe des contraintes sur la durée de ce programme de financement et toutes les subventions devront commencer au plus tard le 1er mai 2020.

Processus de demande et d'évaluation

Les demandes de subventions de recherche doivent être soumises via le système de soumission électronique conjointe (Je-S) des conseils de recherche et leur évaluation sera gérée par le BBSRC. Les candidats potentiels doivent noter que les personnes et institutions éligibles doivent être enregistrées sur le système Je-S pour pouvoir postuler. Toute institution ou personne éligible envisageant de soumettre une proposition, mais qui n'est pas actuellement enregistrée pour utiliser le système, doit envisager une inscription anticipée et contacter le service d'assistance Je-S (jeshelp@je-s.ukri.org ; 01793 444164).

Les candidats doivent se connecter à Je-S et sélectionner:

• Conseil: BBSRC
• Type de document: Proposition standard
• Schéma: Standard
• Appel / Type / Mode: Programme des maladies bactériennes des plantes Phase 2

Pour cet appel, un document supplémentaire «Plan d'engagement des parties prenantes» sera nécessaire. Veuillez le télécharger dans votre application en tant que type de pièce jointe «Autre pièce jointe» dans Je-S. Tous les autres documents sont requis conformément aux demandes standard, cependant, pour cet appel, la limite de pages pour le dossier de support et le dossier de suivi doit être au maximum de douze côtés de A4 (comprenant deux pages de dossier et dix pages du dossier pour Soutien).

Les candidatures doivent être soumises avant 16h00 BST le jour de la date limite de candidature. Aucune prolongation des délais ne sera acceptée. Nous vous recommandons de soumettre votre candidature bien avant la date limite de candidature.

Les critères d'évaluation des propositions seront les suivants:

• Excellence scientifique
• Pertinence par rapport à la portée et à l'objectif de l'appel
• Impact économique et social
• Stratégie et pertinence politique
• Rapport qualité-prix
• Potentiel de renforcement des capacités et des capacités
• Stakeholder engagement
• Solidité et pertinence du plan de gestion du projet, en particulier pour la gestion de consortiums interdisciplinaires.

Les bailleurs de fonds prendront la décision finale sur les projets à financer sur la base des recommandations du comité d'évaluation. Les bailleurs de fonds prendront également en considération la couverture globale et l'équilibre du programme de travail financé.

Voies vers l'impact

Les candidats devront remplir une déclaration «Pathways to Impact» dans le cadre de leur demande; il s'agit d'une exigence standard des demandes de subvention du Conseil de la recherche qui est considérée comme faisant partie du processus d'examen par les pairs. Les partenaires financiers tiennent à ce que les chercheurs financés dans le cadre de ce programme planifient un programme d'engagement des parties prenantes et d'échange de connaissances qui sera mis en œuvre pendant toute la durée de leur projet. Les candidats doivent examiner attentivement la manière dont les connaissances et l'expérience acquises dans le cadre du projet seraient mises à la disposition des décideurs politiques concernés et d'autres parties prenantes. Tout autre type d'impact pouvant résulter de la recherche devrait également être inclus. S'il te plait regarde Recherche et innovation au Royaume-Uni : voies vers un impact.

Les candidats doivent noter que les coûts associés à la mise en œuvre des activités d'impact spécifiques au projet peuvent être inclus dans les demandes de subvention. Les coûts doivent être pleinement justifiés. Les bailleurs de fonds sont particulièrement désireux de voir des activités d'impact qui se prolongeront au-delà de la durée de vie de la subvention de recherche.

Stakeholder engagement

En plus du document Pathways to Impact, les candidats devront soumettre un plan d'engagement des parties prenantes. Les bailleurs de fonds sont désireux de voir la participation active des groupes de parties prenantes concernés dans les projets, de la conception des projets à la réalisation de la recherche, et avec les parties prenantes qui utilisent finalement les résultats de la recherche. Le plan d'engagement des parties prenantes doit indiquer quelles parties prenantes vont / sont susceptibles d'être impliquées, comment elles seront impliquées dans le projet et comment leurs besoins continus seront reflétés dans la livraison du projet.

Le plan d'engagement des parties prenantes sera une pièce jointe distincte du document Pathways to Impact et comptera jusqu'à deux pages.

Jon Knight de AHDB s'est proposé comme intermédiaire pour favoriser les collaborations entre les candidats et les acteurs industriels concernés ; veuillez contacter Jon.Knight@ahdb.org.uk pour plus d'informations. 

Exigences de financement et de rapport

Le financement accordé dans le cadre de cette initiative sera administré par le BBSRC. Il sera soumis aux termes et conditions standard de l'UKRI pour les subventions de recherche (voir téléchargements), ainsi qu'aux exigences spécifiques supplémentaires ou alternatives convenues conjointement par le BBSRC et ses partenaires financiers (par exemple en matière de propriété intellectuelle, de gestion et de partage des données, d'exigences en matière de rapport, d'engagement du public ou interactions avec le partenariat de financement).

Les projets soutenus par cette initiative dureront jusqu'à trois ans.

Les projets seront financés à 80% des coûts économiques complets (FEC) éligibles conformément à la pratique habituelle des conseils de recherche.

Les bailleurs de fonds ont adopté la politique de l'UKRI sur le libre accès aux résultats de la recherche (voir: Recherche et innovation au Royaume-Uni: politique d'accès ouvert), et les subventions seront financées selon ces conditions. Les frais de publication ne sont plus un coût éligible sur les subventions des conseils de recherche.

Les exigences de rapport standard des subventions de recherche accordées dans le cadre des conditions de subvention de l'UKRI s'appliqueront.

Les demandes seront mises à la disposition de tous les bailleurs de fonds; des informations sur les subventions financées seront disponibles sur les sites Web des bailleurs de fonds.

Contact

Debbie Harding

plant.bacteria@bbsrc.ukri.org