Le Dr Arindam Ghatak de l'Université de Vienne a effectué un profilage protéomique à haut débit de la variété de pomme de terre Desiree pour obtenir une image complète et impartiale des altérations du protéome de la pomme de terre (la somme de toutes les protéines présentes) en réponse à diverses situations de stress.
Les plantes ont été cultivées dans le cadre d'une expérience pilote au PSI, un partenaire du projet basé en République tchèque.
Toutes les protéines ont été isolées et pré-fractionnées pour cet examen complexe avant d'être digérées et soumises à la spectrométrie de masse, ce qui permet la détection de centaines de protéines différentes dans un seul échantillon et, en outre, la quantification de leur abondance. Le logiciel Proteome Discoverer a ensuite été utilisé pour analyser les données collectées (Thermo, Allemagne). Les protéines ont été identifiées à l'aide de la base de données interne de Solanum (générée par le NIB Institute, Ljubljana, Slovénie).
De la récolte 1 (un jour après le stress) et la récolte 3 au total, 10341 protéines ont été trouvées (8 jours après le stress). Lors de la récolte 1, le stress d'engorgement était celui où la modulation du protéome la plus élevée a été observée. Ici, les protéines impliquées dans la signalisation, le métabolisme des lipides et la liaison à l'ARN ont montré une activité accrue par rapport aux témoins. De même, lors d'un stress thermique par rapport aux témoins, les protéines impliquées dans la photosynthèse et le métabolisme secondaire ont été augmentées, révélant le mécanisme de réponse au stress du protéome.
Conformément à la récolte 1, la récolte 3 a également montré que le stress d'engorgement, la chaleur et les effets combinés de la chaleur et de la sécheresse étaient les stress qui identifiaient la régulation protéomique la plus forte. Par rapport aux témoins et à d'autres stress, la signalisation 14-3-3 était élevée sous le stress d'engorgement, qui affecte les protéines classées comme appartenant à la catégorie fonctionnelle du métabolisme énergétique.
"Sur la base de l'identification préliminaire, l'engorgement et le stress thermique ont démontré la régulation la plus forte au niveau du protéome par rapport aux autres stress. Cependant, il sera intéressant d'examiner le protéome de la phase de récupération par rapport à d'autres moments de la récolte, en particulier pendant le stress hydrique. Davantage d'exploration de données est en cours pour obtenir des informations détaillées sur les mécanismes de réponse au stress des plantes et la phase de récupération de la variété de pomme de terre Desiree », ont écrit les scientifiques.
Le projet européen Horizon 2020 Accelerated Development of multiple-stress tolerAnt PoTato (ADAPT), auquel Europatat participe, vise à développer de nouvelles stratégies pour adapter les pommes de terre aux conditions de croissance difficiles du futur.
L'un des principaux objectifs du projet est d'étudier les changements morphologiques, physiologiques, biochimiques et moléculaires de la pomme de terre en réponse au stress unique et combiné de la chaleur, de la sécheresse et de l'engorgement en appliquant des technologies de phénotypage à haut débit et d'OMICS (génomique, transcriptomique, protéomique ou métabolomique).
Une source: https://www.potatobusiness.com