Les peuplements pauvres résultant de la pourriture des plantons peuvent être un problème majeur si le temps frais et humide prévaut immédiatement après la plantation. Plusieurs agents pathogènes peuvent faire pourrir les tubercules de semence avant la levée.
Fusarium est le champignon le plus courant responsable de la pourriture des plantons. Les bactéries de la pourriture molle envahissent souvent les tubercules infectés par Fusarium, provoquant la
pourrir très vite. Le champignon mildiou (voir page 41) et Pythium spp. (voir page 79) peut aussi provoquer la pourriture des plantons.